Hokand Hanlığı Şibanoğulları'ndan olan Şahruh, 1710 yılında, Fergana'da bir hanlık kurdu. Bu hanlığın merkezi Hokand idi. Fergana, Özbekler zamanında Maveraünnehir'e bağlı kalmıştı. Daha sonra peygamber soyundan geldiklerini iddia eden ve Hoca denen Seyyidler tarafından idare edilmişti. Şibanoğulları'ndan Şahruh'un kurduğu hanlık, 1758'de kısa bir süre Çin hâkimiyetini tanımak zorunda kaldı. 19. yüzyılın ilk yarısında Âlim Muhammed ve Mehmed Ali Han'lar zamanında hanlığın sınırları, Taşkent ve Yesi şehirlerini içine alıyor ve Balkaş Gölü'ne kadar uzanıyordu.
Hokand Hanlığı, tıpkı Buhara Hanlığı gibi, 1868'de Rus himayesini kabul etmek zorunda bırakıldı. 1876'dan itibaren de, tamamen Rus hakimiyetine alınarak ortadan kaldırıldı.
